甘蔗MAP激酶基因SoMAPK4克隆与生物信息学分析

作者：李粲; 滕峥; 刘开雨; 桑洪玉; 卢双楠; 方位宽; 梁朝旭; 刘晓静; 何姗珊; 刘芳; 邱永福; 李鸣; 李容柏

来源：南方农业学报, 2012, (06): 727-732.

DOI：10.3969/j:issn.2095-1191.2012.06.727

• 甘蔗
• MAP
• 基因克隆
• SoMAPK4
• 生物信息学 sugarcane
• MAP
• gene cloning
• SoMAPK4
• bioinformatics

【目的】克隆甘蔗MAP激酶家族新基因的全长序列,为了解甘蔗抗逆胁迫机制提供依据。【方法】以新台糖22为材料,提取甘蔗幼叶总RNA并反转录为cDNA;利用已知物种MAP激酶基因核苷酸序列保守区设计引物,采用5'和3'端RACE技术克隆新基因全长,并进行生物信息学分析。【结果】克隆获得的甘蔗新基因与玉米ZmMAPK4同源性很高,达92.6%,将该基因命名为SoMAPK4(登录号JQ062930),基因全长1499bp,其中开放阅读框(ORF)为1128bp,5'非翻译区(UTR)为218bp,3'非翻译区(UTR)为213bp。生物信息学分析结果表明,SoMAPK4基因编码一个含376个氨基酸的蛋...

• 单位
  广西大学; 广西壮族自治区农业科学院甘蔗研究所; 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室; 农业部