转录组荔枝Dof基因家族的鉴定及其表达

作者：董晨; 魏永赞; 王弋; 郑雪文; 李伟才^*

来源：热带生物学报, 2021, 12(01): 7-14.

DOI：10.15886/j.cnki.rdswxb.2021.01.002

• 荔枝
• Dof转录因子
• 基因家族
• 生物信息分析
• 表达分析

单锌指DNA结合蛋白(DNA binding with one finger,Dof)是植物中特有的一类转录因子,在植物生长发育与非生物胁迫响应中发挥非常重要的作用。利用妃子笑荔枝果实发育RNA-seq数据库,采用生物信息学分析方法,对荔枝Dof(LcDof)基因家族的基本理化特性,亚细胞定位,蛋白质保守结构域,进化关系等进行分析,同时对LcDof基因家族在果实发育中的表达情况进行分析。结果表明:荔枝中包含有19个LcDof基因家族成员,LcDof编码蛋白范围在157～497个氨基酸残基(Amino acid, aa),对应的分子量为17.70～54.35 kDa,等电点(pI)范围为4.49～9.42;预测LcDof家族成员亚细胞定位均定位于细胞核。系统进化关系分析表明,LcDof基因家族分为4组(GroupⅠ～GroupⅣ),LcDof在不同发育阶段的表达模式不同,其中LcDof7、LcDof9、LcDof12、LcDof15在果肉不同发育时期表达量较高,而LcDof3、LcDof10、LcDof16、LcDof17、LcDof19表达量较低。

• 单位
  农业部; 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所