随着科技创新向纵向推进,原有的经费管理模式慢慢不再适应现实需求,科研经费“包干制”的推出在一定程度上解决了科研人员的部分需求,给予科研人员较大的自主权。但“包干制”在带来巨大利好的同时,也潜藏着较大的财务风险。本文探讨了“包干制”落实过程中潜藏的风险,并从COSO内部控制角度提出“包干制”实施的五点建议,希望能促进“包干制”政策落实,使科研单位能实实在在获得政策红利。