蔷薇盘二孢全基因组测序及比较基因组分析

作者：陈俊祥; 程强

来源：分子植物育种, 2022, 1-9.

• 蔷薇盘二孢
• 全基因组测序
• 比较基因组
• 交配型位点

蔷薇盘二孢(Marssonina rosae)导致的月季黑斑病(Rose black spot)是一种世界性的重要病害，M.rosae基因组遗传变异的探究，可以为制定有效的月季黑斑病的生物防治提供一定参考。本研究利用Illumina HiSeq测序平台对M.rosae NL1进行全基因组测序和组装，并与菌株M.rosae DortE4进行比较基因组分析。结果显示，M.rosae NL1基因组大小为38.6 Mb，GC含量为44.9%，N50为157 694 bp，预测有8 628个蛋白编码基因，通过与包括NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO多个数据库基于同源性搜索和比对，共有8 223个蛋白编码基因得到注释。M.rosae NL1和M.rosae DortE4基因组比较分析发现M.rosae具有保守性，其核心基因占基因家族总数目的98%，同时，预测共得到44个物种特异性碳水化合物水解酶基因和145个物种特异性小分泌蛋白基因。此外，通过基因组注释和长距离PCR，我们鉴定了M.rosae交配型位点，并发现单个菌株仅包含一种交配类型，证实M.rosae具有异宗配合的交配系统，提示不同菌株之间可通过异交进行遗传物质的重组。本研究显示M. rosae NL1和M. rosae DortE4两个菌株具有较高的遗传多样性，提示M.rosae种内的不同菌株在致病性、适应性上可能存在差异。

• 单位
  南京林业大学