15种蔷薇属matK基因的密码子偏好性分析

作者：黄长兵; 沈萍; 侯哲^*

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2023, 52(04): 466-472.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2023.04.006

• matK基因
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 选择与突变

基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱，筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：(1)GC1、GC2、GC3的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高，第3位的GC含量最低，具有显著差异性；有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关；(2)GC3与GC12的相关性不显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；(3)matK基因的有效密码子数低于预期值，位于标准曲线的下方，说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响；(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中，有27个密码子均以A/U结尾，仅有2个密码子以G结尾，说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。

• 单位
  苏州农业职业技术学院