基于生物信息学分析癫痫相关基因在低级别胶质瘤患者预后中的作用

作者：梁沛余; 马晓雨; 常秀君; 韩蕙竹; 夏晓晓; 解安达; 吴穹^*

来源：中国高原医学与生物学杂志, 2020, 41(04): 244-251.

DOI：10.13452/j.cnki.jqmc.2020.04.006

• 癫痫
• 低级别胶质瘤
• 预后
• 生物信息学

目的基于生物信息学探讨癫痫相关基因对低级别胶质瘤(LGG)患者预后的影响,并初步挖掘其作用机制。方法从NCBI GEO数据库获取伴有或不伴有癫痫的LGG患者的芯片数据(GSE32534);用GEO2R算法比对筛选差异基因;利用DAVID数据库对癫痫相关基因进行GO功能和KEGG通路分析;用STRING数据库构建蛋白互作网络并多算法筛选Hub基因;利用GEIPA+TIMER数据库分析Hub基因对LGG患者预后及免疫细胞浸润的影响。结果共筛选出46个癫痫相关基因,主要富集在神经递质传递、关键启动子结合、胞外基质受体互作等过程;SYN1、GRIN2B、GRIA2、MAPT、SLC1A2、GRM5、RBFOX3、NRXN1是Hub基因,其上调可提高LGG患者存活率。结论多个癫痫相关基因可影响LGG患者预后,其机制可能与肿瘤内免疫细胞浸润调控有关。

• 单位
  武汉大学; 青海大学; 基础医学院