基于全基因组序列对新型H7N9禽流感病毒进化率评估

作者：黄萍; 王美霞; 袁满琼

来源：中国公共卫生, 2018, 34(03): 396-400.

• H7N9
• 分子时钟
• 蒙特卡罗马尔科夫链(MCMC)模型
• 进化率

目的基于新型H7N9禽流感病毒的全基因组序列,估算该病毒8个基因结构区及整体的进化率,为进一步探索H7N9的进化机制提供理论支持。方法选取全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)中以人类为宿主的H7N9病毒基因序列,同时合并与新型H7N9的6个内部基因结构区具有高度同源性的H9N2序列;采用Bio Edit7.0软件进行多序列比对,MEGA 6.06建立系统发育树;利用Path-o-gen软件初步估算进化率,并以此作为先验信息,基于分子时钟和蒙特卡罗马尔科夫链(MCMC)模型进一步估算H7N9各基因结构区的进化率。结果进化率结果表明H7N9禽流感病毒进化快,全基因进化率为4.60×10–3次/位点/年(95%CI=3.94×10–35.40×10–3),血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)具有较快的进化率,分别为7.43×10–3和5.92×10–3次/位点/年,聚合酶A(PA)、聚合酶B1(PB1)和聚合酶B2(PB2)进化速度也相对较其他基因片段快。结论 H7N9病毒进化速度快,急需建立一个有效长期的流感病毒监测制度。

• 单位
  公共卫生学院; 山东大学齐鲁医院; 厦门大学