普通念珠藻的基因组组装与进化分析

作者：柴嘉男; 刘光瑞; 刘宝龙; 曹东; 李建民; 梁云龙^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-14.

• 普通念珠藻
• 基因组组装
• 基因组注释
• 系统发育分析

普通念珠藻(Nostoc commune)为蓝藻的一种，能够耐受大多数极端环境，在地球上广泛分布，是生态系统中的主要先驱物种。然而，普通念珠藻在采样后生存时间极端，为采样分析带来极大的困难，对普通念珠藻的基因组序列仍不清楚。因此，本研究依托青藏高原天然地理优势，通过生物信息方法来研究普通念珠藻的基因组序列与进化关系。对普通念珠藻基因组进行高通量测序，完成其基因组从头组装，同时对重复序列、非编码RNA与编码基因进行注释，从而构建进化树。结果表明：(1)通过Survey分析评估普通念珠藻的基因大小为76.96 Mb，最终基因组组装结果表明，普通念珠藻基因组组装大小为79.9 Mb，G+C含量达到57.82%，N50大小为744 bp，最大基因长度为9 587 bp，平均长度为703 bp。(2)收集38种不同藻类的基因组集，通过NJ法构建系统发育树，结果显示普通念珠藻与扭曲单歧藻(Tolypothrix distorta)、具鞘微鞘藻(Microcoleus vaginatus)和缘管浒苔(Ulva linza)亲缘关系最为接近。通过生物信息分析，从基因组层面上对普通念珠藻进行解析，为分子鉴定和有效研究其遗传特征及后续的研究提供理论依据。

• 单位
  生命科学学院; 中国科学院西北高原生物研究所; 青海师范大学