SMARCA1基因在非小细胞肺癌中表达的生物信息学分析及临床意义

作者：何梦钰; 陈玲; 解卫平^*

来源：国际呼吸杂志, 2023, 43(09).

• 癌, 非小细胞肺
• 预后
• SMARCA1基因
• 生物信息分析

目的通过生物信息学方法分析SMARCA1基因在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达和临床意义。方法应用HPA、TIMER和UALCAN数据库分析SMARCA1在NSCLC和正常肺组织中的表达差异。以GEPIA、TIMER数据库样本中SMARCA1表达的中位数作为分界点, 分为高表达SMARCA1组和低表达SMARCA1组, 探索SMARCA1表达水平与NSCLC患者预后关系。采用UALCAN数据库分析SMARCA1基因在肺腺癌不同临床亚组的表达情况。cBioPortal数据库分析SMARCA1在NSCLC中的遗传突变信息。通过STRING数据库分析SMARCA1潜在蛋白相互作用。运用TISIDB数据库探索SMARCA1表达与NSCLC肿瘤免疫浸润的关系。结果 TIMER和UALCAN数据库分析表明SMARCA1在肺腺癌中表达均高于正常组织, 差异均有统计学意义(均P<0.001)。GEPIA和TIMER数据库中高表达SMARCA1的肺腺癌患者总生存期均短于低表达患者, 差异均有统计学意义(HR=1.50, P=0.009;HR=1.12, P=0.044);2组肺鳞癌患者的总生存期比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。不同性别、年龄、淋巴结转移和TP53突变情况的肺腺癌患者SMARCA1表达差异均无统计学意义(均P>0.05)。cBioPortal数据库分析提示507例肺腺癌患者中23例携带SMARCA1基因突变, 主要为错义突变、剪接突变、截短突变等。SMARCA1的相互作用蛋白网络富集明显, 功能主要聚集于核小体动员、定位和组装过程, 染色质重塑等生物学途径。在肺腺癌和肺鳞癌患者中, SMARCA1基因与活化的CD4+ T细胞、活化的CD8+ T细胞、效应记忆CD4+ T细胞、效应记忆CD8+ T细胞、调节性T细胞和巨噬细胞浸润程度均呈负相关。结论 SMARCA1在肺腺癌中高表达, 且高表达患者预后更差, 其表达与肿瘤免疫浸润呈负相关, 因而SMARCA1有望成为肺腺癌早期筛查、预后判断的标志物和免疫治疗靶点。

• 单位
  南京医科大学第一附属医院