科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的 基于TCGA数据库构建肾透明细胞癌（ccRCC）细胞焦亡相关基因预后模型。方法 从TCGA数据库下载509例ccRCC及71例癌旁正常组织的转录组数据和临床数据，获取差异表达焦亡基因；一致性聚类将ccRCC患者分为两个亚型，基于两亚型间的差异基因，进行Lasso-Cox回归构建预后模型，计算预后评分；根据最佳截止值，将ccRCC患者分为高风险组和低风险组，绘制Kaplan-Meier生存曲线，比较两组生存差异；绘制ROC曲线，评价预后模型的预测能力，将预后评分和临床病理因素纳入Cox回归分析ccRCC患者的预后影响因素，构建列线图，评估预测与实际生存概率的一致性；GSEA、GSVA分析比较高风险组和低风险组信号通路间差异，通过ESTIMATE、CIBERSORT和quanTIseq三种算法比较高风险组与低风险组免疫细胞浸润的差异，比较两组免疫检查点基因表达水平，预测高、低风险组对免疫治疗的反应。结果 共筛选23个上调和1个下调的差异焦亡基因，确定了2种ccRCC亚型，筛选出248个可作为独立预后特征的差异基因，通过LASSO回归，最终纳入10个焦亡相关基因构建预后模型；预后风险评分=1.0518×C10orf90+0.0845×HS3ST3A1+0.0407×SAA1-0.324×MPP7+0.2061×IGF2BP3+0.0566×ADAMTS14+0.2176×CILP-0.0119×SHOX2-0.1069×TRIM2+0.3367×HHIPL2;Kaplan-Meier生存分析显示，低风险组比高风险组有生存优势（P<0.001）;Cox回归分析显示，风险评分是ccRCC患者预后独立影响因素（P<0.001）;GSEA、GSVA分析显示，高风险组主要富集在免疫相关通路，低风险组主要富集在代谢相关通路；免疫细胞浸润分析显示，高风险组含有更高水平的免疫抑制细胞；免疫治疗反应预测结果显示，低风险组有更高的反应率。结论 ccRCC焦亡相关基因预后模型可用于预测ccRCC患者的预后，可以作为免疫治疗反应的预测指标，有利于进一步指导临床治疗。
- 单位
