食管鳞癌中miR-204、miR-205相关ceRNA网络构建及部分lncRNA功能分析

作者：马军; 李雨濛; 李南; 任凯凯; 马佳康; 孙佳; 张进; 苏彦河; 袁翎; 段芳龄

来源：胃肠病学和肝病学杂志, 2018, 27(03): 314-318.

• 食管鳞癌
• 竞争性内源RNA
• miR-204
• miR-205

目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能。结果以log FC>2且P<0.05为标准,筛选出和miR-204、miR-205相关差异表达mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点。

• 单位
  河南省肿瘤医院; 消化疾病研究所; 郑州大学; 郑州大学第二附属医院