基于改进细胞链表算法的分子动力学模拟性能优化模型

作者：金明灿; 胡长军; 李建江; 苗庆松

来源：计算机科学, 2013, (02): 12-15.

• 并行计算
• 细胞链表算法
• 多细胞分子动力学算法
• 性能评价
• 细胞大小的优化 Parallel computing
• Cell-linked list method
• Multi-cell MD method
• Performance evaluation
• Cell size optimization

在改进的细胞链表算法中,细胞大小的减少会降低该算法的通信量和粒子之间距离计算的次数,同时会增加邻居细胞的数量。多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法。将改进细胞链表算法的基本思想应用到多细胞分子动力学算法中,推导出了一个分子动力学模拟性能评价模型,并据此提出一个优化模型来加速分子动力学模拟。实验结果表明,根据该优化模型确定的细胞大小可以提高分子动力学模拟程序的性能。

• 单位
  中国科学院计算技术研究所; 北京科技大学; 计算机体系结构国家重点实验室