祖冲之序列密码算法是我国自主设计的应用于LTE网络的国际加密标准。为适应服务器对数据实时高速加密传输、备份的需求，结合相关算法结构及特性，提出了两种基于现场可编程逻辑门阵列的祖冲之序列密码算法高效实现方案，应用了比特模加优化结构和并行流水线结构。实验最终在XILINX Kintex-7 FPGA平台上对设计进行了仿真和实现，并对其运行时的性能和消耗面积结果进行评估，实际结果运行达到6.4 Gbit/s的吞吐量。
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