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摘要
目的基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞株顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路。方法从基因表达数据库(GEO)下载基因芯片数据,数据预处理后,使用R软件分析H460顺铂耐药细胞株与亲本细胞株中差异表达的基因。运用生物医学信息学方法(基因本体论使用DAVID在线软件进行分析,信号传导通路使用DAVID及Pathway在线软件进行分析)对差异基因的功能和富集的信号通路进行注释,进一步分析H460细胞顺铂耐药调控的关键基因及信号通路。结果芯片数据分析显示,H460顺铂耐药细胞株较亲本细胞株表达水平显著上调的有7个基因,表达水平显著下调的有27个基因(P均<0.01)。基因本体论分析发现,差异表达的转录本多与肌动蛋白细胞骨架、细胞转移、细胞功能调控以及膜的组成相关。DAVID在线软件分析显示,差异表达上调的基因主要在8条通路中富集,下调基因主要在15条通路中富集。Pathway分析筛选出16条与H460细胞顺铂耐药相关的通路。结论通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据分析,发现了顺铂耐药相关靶基因及信号传导通路。
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单位遵义医学院珠海校区; 遵义医学院附属医院
