基于公共数据库筛选直肠癌免疫相关的预后基因

作者：葛楠; 高飞; 杨国旺^*

来源：国际检验医学杂志, 2023, 44(13): 1618-1623.

DOI：10.3969/j.issn.1673-4130.2023.13.017

• 直肠癌
• 肿瘤微环境
• 免疫细胞
• 基质细胞
• 预后

目的 通过生物信息学方法分析直肠癌芯片表达数据，筛选出与直肠癌预后相关的潜在基因。方法 从基因表达汇编数据库(GEO)中获取直肠癌基因表达数据集GSE87211。使用ESTIMATE算法来计算肿瘤基质评分和免疫评分，评估肿瘤微环境评分与临床特征的相关性，分析高评分组及低评分组的生存差异。筛选两组之间的差异表达基因并进行GO富集分析、KEGG信号通路分析。应用Kaplan-Meier曲线对筛选的基因进行预后分析。利用UALCAN在线网站验证筛选的基因在直肠癌的预后价值。结果 高免疫评分/基质评分患者与低免疫评分/基质评分组患者生存预后比较差异无统计学意义(P>0.05)。KRAS基因突变型患者免疫评分低于野生型患者(P<0.05),存在远处转移患者基质评分高于无转移患者(P<0.05)。共得到945个差异共表达基因，其中799个上调基因和146个下调基因。GO分析显示差异共表达基因富集于免疫细胞迁移、趋化、黏附、增殖、活化与调节，细胞膜、细胞外基质、组织相容性复合体Ⅱ等细胞成分，以及受体配体活性、趋化因子活性、细胞因子和受体活性等分子功能。KEGG分析显示，差异共表达基因主要在细胞因子间相互作用、白细胞介素(IL)-17、细胞黏附分子等信号通路富集。通过生存分析及外部数据库验证共筛选出4个基因，分别为ERM样蛋白(ERMN)、受体活性修饰蛋白1(RAMP1)、鞘氨醇1磷酸酯受体3(S1PR3)、肿瘤坏死因子α诱导蛋白2(TNFAIP2),它们在直肠癌患者中的高表达与较差的生存预后有关(P<0.05)。结论 ERMN、RAMP1、S1PR3、TNFAIP2高表达可能与直肠癌的不良预后有关，可以为直肠癌的免疫治疗方案的选取提供参考。

• 单位
  首都医科大学; 北京中医医院