11种唐松草属(Thalictrum)rbcL基因的密码子偏好性研究

作者：侯哲; 娄晓鸣; 李昂; 黄长兵^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(03): 46-53.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.03.007

• 唐松草属
• rbcL基因
• 密码子
• 密码子偏好性

唐松草属(Thalictrum)是毛茛科(Ranunculaceae)的重要植物类群，为了明确唐松草属rbcL基因的密码子使用偏好性，从NCBI下载了11条唐松草属植物的rbcL序列，并对其密码子偏好性进行了分析。研究结果表明，rbcL基因的密码子中，GC1的平均值为0.583,GC2与GC3分别为0.435、0.310,其中，GC1含量最大，GC3含量最小，表现出显著的差异；ENC值与GC1和GC2的相关性不显著，而与GC3的相关系数为0.335(P<0.05),说明在rbcL基因中，密码子第3位的碱基组成与密码子的偏好性显著相关；中性绘图分析表明，GC3与GC12的相关性不显著，且选择对密码子的偏好性有着决定性的作用；ENC-plot及PR-plot结果表明，rbcL基因的ENC值低于预期值，且相比于嘌呤C/T,嘧啶A/G的使用频率要更低；RSCU分析表明，RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾，密码子使用度最高的3个密码子为CGU、UCU、ACU,用RSCU值做聚类分析，在一定程度上也可以反映唐松草属植物的亲缘关系。对于唐松草属植物的rbcL基因来说，酵母可以作为其表达受体，拟南芥可作为其转化受体。本研究为唐松草属叶绿体基因工程的开展奠定了基础，为其后续的遗传多样性、遗传结构及基因功能提供了借鉴信息。

• 单位
  苏州农业职业技术学院