本发明公开了一种鲜亮红曲黄色素及其制备方法与应用。本发明通过将红曲黄色素和蛋白质配制成色素蛋白液,再加入锡盐,得到色素蛋白盐沉淀溶解后再滴加多糖溶液,得到色素蛋白糖液;将槲皮素溶解于乙醇溶液中,再加入锡盐,进行络合反应,得槲皮素盐;将槲皮素盐溶液,滴加入色素蛋白糖液中,得到鲜亮红曲黄色素。该鲜亮红曲黄色素,呈色亮黄,呈色稳定性和染色效果较好,且具有良好的抗氧化和降脂活性。