本发明公开一种基于Sec63的不同重组蛋白表达水平的毕赤酵母菌株的分选方法,涉及基因工程技术领域。本发明将毕赤酵母内质网膜蛋白(Sec63)融合表达荧光蛋白,通过分选出荧光值高低不同的菌株而分选出重组蛋白表达水平不同的菌株。本发明使用荧光蛋白(EGFP)荧光值可以快速地分选出不同重组蛋白表达水平的毕赤酵母菌株,简便快速,无需繁琐的操作,有利于不同重组蛋白表达水平的毕赤酵母重组菌株的快速分选。