使用基因组数据进行贝叶斯物种分化时间估计

作者：朱天琪^*

来源：中国科学:生命科学 , 2019, 49(04): 472-483.

• 贝叶斯物种分化时间估计
• MCMC算法
• 分子钟模型
• 先验
• 化石校准

随着测序技术的发展,基因组数据呈井喷式增长.大量的基因组数据使得我们可以非常准确的估计出进化距离,即进化速率和物种分化时间的乘积.在很多情况下,我们想要了解的是物种分化的绝对时间.然而分子数据并没有分别提供进化速率和分化时间的信息,我们可以使用贝叶斯方法借助化石、先验等外部信息进行估计.近年来,进化模型和计算方法方面研究取得的进展使得我们可以在复杂模型下分析多基因数据.能够分析复杂模型的贝叶斯MCMC方法也成为了主流的物种分化时间估计方法.本文主要介绍贝叶斯物种分化时间估计的框架以及相关工作近年来的进展.

• 单位
  中国科学院; 中国科学院数学与系统科学研究院