2021年1月-2021年5月中国大陆入境人群新型冠状病毒的基因型分析

作者：冯晔囡; 赵翔; 夏影; 陈志肖; 聂凯; 王佶; 牛培华; 韩俊; 王世文; 许文波; 陈操^*; 王大燕^*

来源：病毒学报, 2022, 38(05): 1035-1042.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004160

• 新型冠状病毒
• 新型冠状病毒肺炎
• 输入病例
• 基因型

为了解输入中国大陆的新型冠状病毒（新冠病毒，SARS-CoV-2）基因组型别和分布特征，本研究收集了采样日期在2021年1月1日至2021年5月31日间239例境外输入中国大陆的SARS-CoV-2核酸检测阳性人员病毒基因组序列，采用Pangolin在线分型平台（https：//pangolin.cog-uk.io/）进行SARS-CoV-2基因组分析。结果显示，2021年1月1日至2021年5月31日间，中国大陆23个省份报告了SARS-CoV-2核酸检测阳性人员病毒序列，广东省报送的SARS-CoV-2基因组序列数最多（42.68%），其次为江苏省（12.13%）。有序列报告的病例来自5个大洲的59个国家（或地区），主要以亚洲（55.23%）和非洲（25.10%）为主，居前3位的国家为肯尼亚、菲律宾和阿联酋，均为14例。依据Pango命名法，239例感染者SARS-CoV-2基因组序列可划分为53个基因型，包括4种关切变异株（Variant of Concern,VOC）:Alpha(B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Gamma(P.1和P.1.1)和Delta(B.1.617.2)，占比分别为31.80%、14.23%、1.26%和9.62%，分别在14、8、2和6个省份监测发现。输入SARS-CoV-2的基因型以Alpha、Beta和Delta变异株为主。广东省监测发现的输入SARS-CoV-2基因型种类最多（36种），且包括4种VOC(Alpha、Beta、Gamma和Delta)和2种曾经定义的关注变异株（Epsilon和Eta）。本研究数据表明，2021年1月1日至2021年5月31日期间输入中国大陆的SARS-CoV-2基因型呈多样性，多个省份监测发现了国际流行变异株VOC，发现时间与占比与同期国际流行趋势相似，多数省份面临着较大的由输入病例引起本土疫情的风险。建议继续加强入境核酸检测阳性人员SARS-CoV-2基因组测序、感染者的隔离管控以及对重要流行变异株的研究，从而为我国新型冠状病毒肺炎疫情的防控和免疫策略的调整提供科学依据。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 中国科学院