乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析

作者：崔嘉晗; 赵明; 牛海涛; 王新生^*

来源：青岛大学学报(医学版), 2019, 55(04): 402-410.

• 癌,肾细胞
• 基因本体
• 信号通路
• 遗传关联研究
• 计算生物学

目的探讨生物信息学分析对乳头状肾细胞癌(PRCC)差异表达基因和通路的意义。方法分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中PRCC的RNA测序数据,应用生物信息学分析筛选差异表达基因,并对候选基因依据功能和信号通路进行富集分析。结果分析TCGA中PRCC和癌旁正常组织的RNA测序数据,筛选4 639个差异表达的基因。对筛选差异表达基因进行基因本体及代谢通路富集分析后得到818个基因本体术语(GO terms)和110条信号通路术语(pathway terms)。结论运用edgeR包以及基因本体及信号通路分析,筛选了PRCC与癌旁正常组织差异表达基因及富集的信号通路。

• 单位
  青岛大学附属医院