部委省共建医科大学的学科发展状况呈现"整体有序、局部无序"的阶段性特征,主要存在医学传统学科的质量优势不突出,中医药学科的发展规划不充分,医学学科和非医学科的建设水平不协调等问题。而推动学科秩序优化与调整路径应在于:强化政府与大学的协同共治能力,提升医学主干学科整体实力;弥补中医药学科发展"短板",构建医学学科协同发展格局;改善学科场域环境,建立交叉融合的"大医学"生态系统。