本发明公开了一种利用分子杂交技术进行基于蛋白结构的药物设计方法,其特点是通过构建的蛋白配体复合物扩展库和分子杂交算法进行药物设计,构建的蛋白配体复合物扩展库包含809670个复合物结构,蛋白配体复合物扩展库可以为后续的分子杂交算法提供实验数据,提高药物设计分子的合成可行性,通过分子杂交程序,找出满足的匹配键,完成分子的杂交和结合步骤,生成药物设计的新分子。本发明与现有技术相比具有方法简便,加速药物设计的进展,指导药物设计的合成,降低了设计成本,提高药物设计效率。