本发明公开了一种脂肪酸光脱羧酶McFAP的突变体及其应用,所述脂肪酸光脱羧酶McFAP的突变体的氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明的McFAP的突变体,丰富了FAP的种类,填补了现有FAP不能对碳原子数6~12的饱和直链脂肪酸催化脱羧的空白,脱羧底物谱明显更广、脱羧效果更好,使燃料的高效可持续生物合成成为可能,有着广阔的工业应用前景。