2020—2021年中国部分地区猪流行性腹泻病毒S1基因遗传变异分析

作者：史秋颖; 段宝敏; 李颖; 牛登云; 耿晨阳; 周佳伟; 王蕊; 冯敬敬^*

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(06): 2468-2478.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.06.031

• 猪流行性腹泻病毒(PEDV)
• S1基因
• 遗传变异
• 重组

【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测，对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序，并进行流行病学统计分析，使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析，利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析，对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示，冬季属于PEDV高发季节，1日龄仔猪感染率最高，为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示，138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支，131株毒株属于G2群，其中126株属于G2a亚群，与HBXY2、SNJ-P在同一亚群，5株属于G2b亚群，与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群；其余7株毒株位于G1群和G2群之间，形成一个独立分支。经重组分析发现，该分支的7株毒株存在同一种重组事件，断点位于第59―695 bp处，可能为跨群重组毒株；138个S1基因序列之间核苷酸相似性为85.7%～100%,与经典毒株CV777的核苷酸相似性为85.2%～92.3%,其中131株G2群分离毒株与经典毒株CV777相比，在S1基因N端第56、59-62、138-139、159-160位，与G2群参考株氨基酸序列存在相同并具有特征性的缺失和插入。【结论】2020―2021年PEDV流行株呈变异趋势，其主要流行基因型为G2群，与2010年以后流行的变异株亲缘关系较近，与经典毒株亲缘关系较远，且存在跨群重组，对中国持续监测PEDV流行性和变异性具有重要意义。