基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析

作者：刘宇佳; 李莉; 胡晓平; 钟里科; 李晶晶; 黄萍; 张轶雯^*

来源：中国临床药理学与治疗学, 2019, 24(08): 852-859.

• 胃癌
• 生物信息学
• 差异基因
• PPI网络
• 基因功能富集及注释

目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制。方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释。随后对关键节点基因进行生存分析。结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3K-AKT信号通路等。PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移。对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05)。结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据。

• 单位
  浙江省肿瘤医院; 淳安县第一人民医院