跨学科专业发展机制对保障跨学科专业顺利设置、顺畅运行、不断成长具有重要意义。从现实看,我国在跨学科专业发展机制上主要存在多元主体需求传导不畅、专业设置制度不合理、以学科为基础分设系科、课程资源按院系分割、教师聘任与考评隶属院系等问题。为突破跨学科专业发展的机制障碍,从而为跨学科专业发展创造良好的环境,国家教育主管部门应建立多元主体需求导向的专业设置与评价机制、优化专业管理体制,大学应设置专门组织与协调机构、建立课程共享机制、探索教师联合聘任制或双聘制。