肠道微生物群与机体长期共生,不仅参与构成肠道屏障,还可以通过产生宿主生理所必需的维生素和其他产物来维持机体的新陈代谢。自噬是一种用于维持稳态的细胞分解代谢过程,它在所有组织的基础水平上起作用。本文将从调节肠道微生物群时自噬的变化,以及自噬改变时肠道微生物群的变化进行阐述,为疾病的治疗提供更多的研究方向。