非酒精性脂肪性肝炎相关肝癌关键基因的筛选及免疫浸润分析

作者：吴燕如; 邓嘉诚; 许雅琦; 常建兰; 于俊岩^*

来源：现代消化及介入诊疗, 2023, 28(09): 1111-1116.

• 非酒精性脂肪性肝炎
• 肝细胞癌
• 加权基因共表达网络分析
• 免疫浸润
• 生物信息学

目的 通过生物信息学方法探究非酒精性脂肪性肝炎(nonalcoholic steatohepatitis, NASH)进展为肝细胞癌(nonalcoholic steatohepatitis-related hepatocellular carcinoma, NASH-HCC)的关键基因，并分析其与免疫细胞浸润的关系。方法从基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库下载GSE164760数据集，利用差异表达分析获得差异基因，通过WGCNA鉴定出NASH进展为NASH-HCC的关键模块。对差异基因及关键模块取交集后获得的基因进行GO及KEGG通路富集分析，并利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建交集基因蛋白互作网络，进一步采用Degree算法筛选关键基因。最后通过CIBERSORT算法分析样本免疫细胞浸润情况，并对关键基因与免疫细胞的相关性进行分析。结果 共筛选出93个差异表达基因和1个显著相关性WGCNA模块。对81个交集基因进行GO及KEGG通路富集分析，结果表明这些基因主要富集于代谢相关途径，如激素代谢、异生代谢、烯烃化合物代谢、药物代谢等。进一步对交集基因相互作用的蛋白进行分析，筛选出3个关键基因，即CAT、CYP2E1、GSTA1。NASH和NASH-HCC中免疫细胞浸润的比例不同，特别是CD8+T细胞、活化的NK细胞、M0巨噬细胞、静息的树突状细胞、中性粒细胞和M2巨噬细胞。免疫细胞相关性分析表明，3个关键基因均与中性粒细胞呈负相关(P<0.05)。结论 CAT、CYP2E1、GSTA1是NASH进展为NASH-HCC的关键基因，可能通过调节中性粒细胞参与NASH-HCC的发生发展。

• 单位
  第一临床学院; 长治医学院; 长治医学院附属和平医院