非洲猪瘟病毒解旋酶D1133L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位

作者：侯景; 申超超; 张大俊; 杨博; 史喜绢; 张婷; 崔卉梅; 袁兴国; 赵登率; 陈学辉; 张克山^*; 郑海学; 刘湘涛

来源：畜牧兽医学报, 2021, 52(07): 1953-1962.

• 非洲猪瘟病毒
• 解旋酶
• D1133L基因
• 序列分析
• 结构预测
• 亚细胞定位

旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系。作者使用Mega6.0软件绘制了7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL软件预测了该基因所编码蛋白序列的二、三级结构;根据GenBank公布的ASFV序列(LR743116.1),合成D1133L基因并构建其重组真核表达质粒pCMV-D1133L,蛋白免疫印迹(Western blot, WB)验证该基因表达后,将重组质粒转染至PK-15细胞,应用间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay, IFA)研究了该蛋白的亚细胞定位。结果表明,通过ASFV解旋酶的基因系统进化树,发现5种解旋酶基因均相对保守。D1133L基因全长3 402 bp,表达的蛋白为124.63 ku, G+C含量为6.1%,A+T含量为10.6%;二级结构分析表明α螺旋占48.90%,扩展链占13.50%,无规卷曲为33.27%;三级结构分析表明六自由度结构(six degree of freedom, QMQE)为0.20,覆盖率84%,且预测以α螺旋为主的高级结构;通过LOCSVMPSI分析预测,显示D1133L蛋白定位于细胞核内与细胞质内的概率是相同的。WB结果显示pCMV-D1133L质粒正常表达,IFA试验证明ASFV编码的解旋酶D1133L同时分布于细胞核和细胞质。本研究通过对D1133L基因序列、结构功能预测,并通过IFA验证了D1133L亚细胞分布,为进一步揭示D1133L基因功能奠定了一定基础。

• 单位
  家畜疫病病原生物学国家重点实验室; 中国农业科学院兰州兽医研究所