基于RNA-Seq的蒙古冰草bHLH转录因子家族分析

作者：张学峰; 马艳红^*; 范菠菠; 赵彦; 武小娟; 雷雪峰

来源：分子植物育种, 2023, 21(04): 1154-1163.

DOI：10.13271/j.mpb.021.001154

• 蒙古冰草
• 转录组测序
• bHLH转录因子
• 生物信息学分析

为挖掘蒙古冰草(Agropyron mongolicum)干旱胁迫响应的bHLH基因，本研究在转录组测序数据的基础上，利用生物信息学方法对蒙古冰草bHLH基因进行理化性质、亚细胞定位、保守域及基序、系统发育进化分析，同时对不同干旱处理条件下的bHLH基因进行表达分析。结果表明：筛选得到23个具有完整bHLH保守结构的蒙古冰草转录因子，蛋白大小在87～699 aa之间；分子量在0.98～7.56 kD之间；脂肪族指数和理论等电点分别在54.33～96.96和4.76～9.68之间。23个蒙古冰草bHLH转录因子亚细胞定位预测全部在细胞核中；bHLH基因含2个保守结构域，碱性区含有高度保守序列Glu9、Arg-10、Arg-12、Arg13，螺旋区内Arg-23和Arg-41高度保守。进化树分为两大类：第一类为DN18916＿c0＿g1、DN23825＿c0＿g1、DN20889＿c1＿g1、DN21712＿c0＿g1、DN25383＿c0＿g4；另一类为DN16122＿c0＿g3、DN27532＿c1＿g3、DN27156＿c1＿g2、DN211-64＿c0＿g1、DN22283＿c0＿g1等；蒙古冰草中筛选出的23个bHLH基因与9个已知具有抗旱功能的bHLH基因具有同源性，推测其参与干旱逆境胁迫响应。有8个基因呈上调表达，7个基因为下调表达，有6个基因在干旱处理条件下表达量存在显著差异。

• 单位
  内蒙古农业大学