检察机关在公益诉讼中追究刑事、行政、民事法律责任时存在不平衡、不均衡的问题。基于法律责任惩罚、救济、预防功能的区分,应对不同功能的法律责任适用“并科”原则,相同功能适用“惩罚择一从重”“救济、预防效率优先”“履行免责”的原则,与之相对应的办案规则和工作机制包括预防功能“优先”、惩罚功能“顺位”、救济功能“协商”,公益诉讼追责主体“两检合一”的办案机制和个案法律责任适用审查程序。