西尼罗病毒Chin-01株基因组非编码区的序列测定及分析

作者：李晓峰; 姜涛; 陈水平; 韩剑峰; 邓永强; 秦成峰; 于曼; 秦鄂德

来源：Y200807018, 2008, 33(07): 829-832.

DOI：10.3321/j.issn:0577-7402.2008.07.014

• 西尼罗病毒
• 非翻译区
• 序列分析
• 蛋白质结构
• 二级 West Nile virus
• untranslated regions
• sequence analysis
• protein structure
• secondary

目的对西尼罗病毒(WNV)Chin-01株基因组非编码区(UTR)序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统发育关系。方法采用5′和3′RACE法对Chin-01株病毒基因组的UTR进行RT-PCR扩增,测定扩增产物序列,采用DNAstar软件对该株及其他9株WNV的UTR进行序列同源性分析,同时构建了基于3′UTR的系统发育树,并用RNA structure软件预测其二级结构。结果Chin-01株基因组5′和3′UTR分别为96nt和630nt,序列同源性分析的结果表明,其5′UTR与其他9株的同源性均达到99%或100%,而3′区UTR与埃及Eg101株的同源性最高,达98·1%。5...

• 单位
  病原微生物生物安全国家重点实验室; 军事医学科学院