茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

作者：尤园园; 王帅; 方莹莹; 齐诚; 李淑培; 张映; 陈钰辉; 刘伟; 刘富中^*; 舒金帅^*

来源：园艺学报, 2023, 1-13.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2022-1176

• 茄子
• InDel标记
• 遗传多样性
• 指纹图谱
• F_(1)代真实性鉴定

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序，鉴定出145 407个InDel，12号染色体InDel数最少(7 752)，1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10 bp的InDel位点，挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选，63对表现出稳定的多态性，比例为43.75%；主要等位基因频率为0.4038 ～ 0.9808，平均为0.7659；基因多样性指数(Hs)为0.0377 ～ 0.6501，平均为0.3217；多态性信息含量(PIC)为0.0370 ～ 0.5750，平均为0.2663，42个标记多态性信息含量大于0.200，多态性较好。当遗传距离为0.235时，将26份不同类型茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外，选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F1代真实性鉴定，鉴定结果表明3个为真实杂交种，与田间鉴定结果吻合。

• 单位
  河北科技师范学院; 中国农业科学院蔬菜花卉研究所