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摘要
目的对昆明市1株人感染H9N2禽流感病毒进行全基因组测定, 分析病毒基因进化及氨基酸位点变异情况。方法通过real-time RT-PCR方法对病例标本进行流感病毒分型检测, 使用MDCK细胞进行病毒分离, 应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒全基因组序列测定, 下机数据应用CLC Genomicsworkbench 8.0软件进行拼接, 使用Mega 7.0软件对序列进行比对分析和进化树构建。结果病例咽拭子标本检测结果显示甲型H9N2亚型阳性, 通过分离培养收获H9N2毒株并进行全基因组序列测定, 获得分离株全基因组序列。分离株8个基因片段相似度最高序列来源不完全一致, 系统进化分析显示, HA、NA和PB2基因位于G9-like分支, M基因位于G1-like分支, NS1、PB1、PA、NP均位于F/98-like分支。HA基因受体结合位点表现为I155T、H183N、Q226L突变, M1基因上表现为N30D、T215A、V15I突变, M2、NS1、PB1基因上分别存在L55F、P42S、L13P突变, PA基因上存在K356R、S409N突变。结论昆明分离株8个基因片段来源不一致, 受体结合特性趋于优先结合人类受体, 致病性有增强的趋势, 后续应开展更多频次的主动监测及时发现病毒分布变化和变异情况。
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