鲽科10种鱼类核糖体ITS2序列比较分析

作者：杨敏; 孔晓瑜^*; 时伟; 龚理

来源：动物学杂志, 2018, 53(06): 938-950.

DOI：10.13859/j.cjz.201806012

• 鲽科
• ITS2
• 多态性
• 二级结构
• 协同进化
• 非协同进化

为了解鲽科鱼类ITS2序列的多态性特征,本研究获得了鲽科10种鱼类310条ITS2序列,长度在419～486 bp之间。种内序列长度差异最小的为粒鲽(Clidoderma asperrima)(419～420 bp)和太平洋拟庸鲽(Hippoglossoides elassodon)(419～420 bp),其次为北岩鲽(Lepidopsetta polyxystra)(447～452 bp)和刺黄盖鲽(Limanda aspera)(457～463 bp),松木高眼鲽(Cleisthenes pinetorum)(452～462 bp)和圆斑星鲽(Verasper variegatus)(465～479 bp)的种内序列差异分别为10 bp和14 bp;其余4种鱼类根据长度差异(14～32 bp)分型为长(A型)、短(B型)序列类型,同时检测存在重组类型(R型),其中长度差异最大的是钝吻黄盖鲽(Pseudopleuronectes yokohamae)(454～486 bp),其次为尖吻黄盖鲽(P. herzensteini)(433～458 bp)、虫鲽(Eopsetta grigorjewi)(420～439 bp)、星突江鲽(Platichthys stellatus)(466～480 bp)。通过双参数模型(K2P)计算遗传距离可见,种内遗传距离多集中于0.002～0.027之间,仅星突江鲽和尖吻黄盖鲽因类型差异导致较高数值(0.043和0.053);不同物种间遗传距离在0.046～0.180之间。10种鱼类ITS2的GC含量为63.95%～70.16%;9种鱼类的二级结构均为具有5个分支(HelixⅠ～Ⅴ)的闭合环状结构,仅圆斑星鲽中由于存在HelixⅣ变异形成HelixⅣ-a和HelixⅣ-b而具有6个分支。基于ITS2构建的鲽科10种鱼类的系统进化树显示,不同种鱼类的克隆序列均单独聚支。序列的多态性特征分析表明,在具有不同序列类型的虫鲽、星突江鲽、尖吻黄盖鲽和钝吻黄盖鲽4种鲽科鱼类中,ITS2以非协同进化的方式存在,而其他6种鱼类为协同进化;虽然存在种间K2P遗传距离小于种内的个例,但ITS2在属间不同物种的区分上具有适用性。本研究结果丰富了鲽形目鱼类的ITS2数据,也将为鱼类的核糖体RNA序列多态性的研究提供科学依据。

• 单位
  中国科学院大学; 浙江海洋大学; 中国科学院南海海洋研究所