科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的筛选出前列腺癌预后相关甲基化基因, 以期寻找出前列腺癌预后潜在生物标志物。方法通过GEO数据库, 检索到2个前列腺癌相关基因表达数据集(GSE46602、GSE55945)和2个前列腺癌甲基化数据集(GSE112047、GSE76938), 并对两类数据集进行甲基化差异基因筛选。使用DAVID数据库对差异基因进行功能注释和通路富集分析。使用STRING数据库和Cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析, 并筛选出关键基因。利用TCGA数据库验证关键基因的表达数据和甲基化数据的相关性, 同时利用其临床数据验证关键基因表达对预后的影响, 最后再对关键基因的预后价值进行评估。结果共筛选出57个甲基化差异表达基因, 其中48个高甲基化低表达基因, 9个低甲基化高表达基因。差异基因在代谢途径和肿瘤途径两条通路显著富集。通过蛋白互作网络筛选出6个关键基因, 通过TCGA数据库初步验证和进一步预后价值评估发现PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因与前列腺癌预后显著相关。结论 PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因有望成为前列腺癌预后的潜在生物标志物。
- 单位
