银杏三个年龄阶段雄花芽的转录组分析及差异基因筛选

作者：杨婷婷; 冯致; 刘艳玲; 杨果; 李萌; 王义强^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(12): 3940-3947.

DOI：10.13271/j.mpb.019.003940

• 银杏(Ginkgo biloba)
• 转录组测序
• 年龄途径
• 差异基因

本研究筛选银杏三个年龄阶段开花调控的关键基因,揭示银杏开花调控年龄途径的分子机理,为促进银杏早花、分子育种和推广种植提供科学依据。本研究利用高通量测序技术及生物信息学工具,对三个年龄阶段的银杏雄花芽进行转录组测序,对测序数据进行分析,筛选出年龄途径关键差异表达基因。转录组测序转录组测序共产生57.45 Gb原始数据,注释到8大功能数据库(GO, COG, KEGG, KOG, NR, Pfam, SwissProt, egg NOG)上的Unigene总数为35 058个。通过KEGG通路注释和GO富集分析,将Unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示,幼年雄花芽较开花一年雄花芽有37个基因上调,75个基因下调;幼年雄花芽较开花多年雄花芽有592个基因上调,871个基因下调;开花一年雄花芽较开花多年雄花芽有961个基因上调,1 203个基因下调。本研究发掘出大量的开花相关的基因,最终筛选出SPL (gene.Gb23724, gene.Gb03922)、AP2 (gene.Gb00766)、MADS-box (gene.Gb01886, gene.Gb15398, gene.Gb28337, GingkonewGene2213)、GA调节蛋白(gene.Gb34467, gene.Gb28606, gene.Gb33214)和DELLAs蛋白(gene. Gb34644)等11个年龄途径开花调控的关键基因。

• 单位
  中南林业科技大学