分析我国现行高校两级财务管理体制存在的弊端,主要包括预算编制不科学、行政过度干预、缺乏科学激励和监管三个方面,提出高校两级财务管理体制创新的思路,针对建立院校两级预算体系提出了具体措施建议:调整校院预算编制流程,改进预算编制方法,赋予院系更大的资金所有权,提升院系财务人员的财务管理水平及配套科学的考核机制。