农民专业合作社联合社的产生与发展促进了小农户与现代农业发展的有机衔接,是中国农村经济组织在实践中的制度创新,也是农民专业合作社成熟之后必然迈入的高级形态。在合作社联合发展的趋势下,以新疆农民专业合作社联合社为研究对象,在全面把握新疆农民专业合作社联合社发展现状、基本模式及发展特点的基础上,总结并分析农民专业合作社联合社在外部环境与内部治理等方面存在的突出问题。最后,从规范化运行、政策指导与扶持、专业人才队伍建设等方面提出了促进新疆农民专业合作社联合社发展的对策建议。