DENV-2感染HUVECs的基因表达谱分析及ceRNA调控网络的构建

作者:姬进忠; 陈铭勰; 胡盼; 程瑶; 王远迎; 孙见飞; 吴宁*; 左丽*
来源:西安交通大学学报(医学版), 2023, 44(04): 532-541.

摘要

目的 旨在建立共表达lncRNA-mRNA的ceRNA网络,探究lncRNA在登革热中的潜在分子机制。方法 通过基因芯片技术对DENV-2感染的和正常的pHUVEC进行测序并筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。差异表达的mRNA进行蛋白互作(PPI)分析,利用Pearson相关系数筛选出显著相关的共表达lncRNA-mRNA,通过数据库预测能与共表达lncRNA-mRNA结合的miRNA,采用Cytoscape软件构建共表达lncRNA-mRNA的ceRNA网络。将差异表达的mRNA和共表达lncRNA-mRNA进行GO和KEGG富集分析,并通过RT-qPCR验证共表达lncRNA-mRNA。结果 DENV-2感染48、72 h后,获得差异表达的mRNAs分别为105、51个,lncRNAs分别为59、29个;两个时间段共有差异mRNA 10个,lncRNA 5个。差异mRNAs进行PPI分析,得出IL6、IFIT2、OAS2等度值较高;lncRNA-mRNA共表达分析结果中,48 h和72 h相关系数最高的配对分别为XLOC_001966-SMTNL1和XLOC_001966-ESR2;GO和KEGG富集分析显示,差异表达的mRNA和共表达lncRNA-mRNA的功能主要集中在病毒防御反应、免疫应答、信号转导等,并通过JAK-STAT信号通路、Ⅰ型干扰素、细胞因子受体相互作用等途径发挥作用。RT-qPCR结果显示,共表达lncRNA-mRNA对中lncRNA XLOC-I2-8991上调,其余lncRNA和mRNA均下调。结论 本研究初步揭示了登革病毒感染过程中潜在lncRNA-mRNA共表达网络,发现了共表达lncRNA-mRNA主要富集在病毒感染过程中的免疫调控及信号转导等途径,这将有助于进一步探索DENV-2的感染机制。