卵巢癌诊断新基因HELQ的生物信息学分析

作者：李亚萍; 邹余粮; 张琳; 黄新; 秦勇

来源：中国妇幼健康研究, 2017, 28(07): 781-785.

• HELQ
• 肿瘤
• 结构
• 功能
• 生物信息学。

目的本研究拟采用生物信息学工具分析卵巢癌易感基因HELQ所编码蛋白的结构及结构与功能的关系,并初步探讨其对肿瘤发生的影响。方法采用Ex PASy服务器中的工具分析HELQ蛋白的理化特征;分别采用PSORTⅡ和TMHMM预测HELQ蛋白的亚细胞定位和跨膜拓扑结构;采用Signal P 4.0预测HELQ的信号肽;采用Scan Prosite和SMART分析HELQ的功能结构域以及结构域分区,采用PSIPRED和I-TASSER预测HELQ蛋白的二级和三级结构以及配体结合位点;最后采用STRING 10.0预测HELQ与其他蛋白质的交互作用。结果 HELQ主要定位在细胞核(47.8%)和细胞质(39.1%)中,有4个保守结构域DEXDc、HELICc、HHH_5和PRK02362,并包含解旋酶ATP结合区和解旋酶C端结合区两个功能结构域;成功建立了HELQ的二级和三级结构模型,其中二级结构中α螺旋、无规则卷曲及折叠结构比例分别为54.0%、31.0%和6.0%。三维配体结构分析结果可见,HELQ包含一个酶活性中心位点His341,催化Ile333、Lys335、Tyr337、Gln340、Pro360、Thr361、Ser362、Gly363、Gly364、Lys365、Thr366、Leu367、Glu464和Ala711等结合位点与配体ATP结合。交联蛋白质分析发现HELQ可能与RAD51、POLA1、PLON、FANCD2、DHX8等蛋白存在交互作用。结论 HELQ具有ATP依赖性解旋酶活性,参与DNA损伤的修复过程,可能是其低表达时引起卵巢癌等恶性肿瘤发生的机制。

• 单位
  西安市中心医院; 神经内科; 西安交通大学第一附属医院