科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的观察抗血管内皮生长因子(VEGF)药物治疗后视网膜血管内皮细胞基因表达谱的RNA-Seq分析结果。方法体外培养视网膜血管内皮细胞,取对数生长期细胞用于实验。将细胞分为VEGF组、VEGF联合抗VEGF药物组。VEGF组细胞采用50 ng/ml VEGF持续作用72 h,以模拟糖尿病视网膜病变中血管内皮细胞的高VEGF生存环境。VEGF联合抗VEGF药物组细胞采用50 ng/ml VEGF+2.5μg/ml抗VEGF药物持续作用72 h,以仿效抗VEGF药物治疗后细胞所处的微环境。应用RNA-Seq技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,并在此基础上分析差异表达基因;通过GO功能、Pathway显著性富集分析对差异基因的功能及所在的信号通路进行解释说明。结果分别获得两组细胞的基因表达谱信息。两组细胞之间共存在328个差异表达基因,包括194个上调基因和133个下调基因。差异基因功能涉及分子生物学过程调控以及细胞的能量代谢、蛋白合成等诸多方面,其中SI、PRX、HPGD与蛋白合成相关,BIRC7与细胞凋亡相关,而ABLIM1、CRB2与视网膜发育相关,ABCG1、ABCA9、ABCA12与巨噬细胞胆固醇和磷脂转运相关。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要可以划分为生物学行为调控、细胞组分形成以及分子功能三大板块。Pathway显著性富集分析结果显示,Notch信号通路、细胞外基质受体通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、Wnt信号通路表达在两组细胞间存在差异,而其中又以与纤维化进程调控密切相关的TGF-β信号通路中钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱβ(CAMK2B)、胶原蛋白Ⅲ型α1链(COL3A1)、细胞球蛋白(CYGB)、前列腺素E受体2(PTGER2)、硫酸乙酰肝素6-O-磺基转移酶2等基因的差异表达最为引人关注。结论抗VEGF药物治疗后可能导致CAMK2B、COL3A1、CYGB、PTGER2等TGF-β通路相关基因的表达上调进而加剧视网膜纤维化进程。
-
单位天津医科大学眼科医院; 天津医科大学
