巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析

作者：莫家远; 高九昱; 奉玲丽; 李月月; 田威龙; 刘笑笑; 程锋; 梁靓; 雷树桥; 文蔚; 梁晶^*; 兰干球^*

来源：中国畜牧兽医, 2020, 47(12): 3965-3975.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2020.12.019

• 巴马香猪
• 产活仔数
• 全基因组关联分析(GWAS)
• 候选基因
• 芯片

为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析(GWAS)定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1～9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。

• 单位
  广西大学; 广西里建桂宁种猪有限公司; 巴马原种香猪农牧实业有限公司