糖酵解相关基因与肝细胞癌患者预后关系的研究

作者：解宇威; 刘鹏; 徐翔宇; 高瑞谦; 高雨菲; 刘奎; 李坤; 朱呈瞻^*; 曹景玉^*

来源：精准医学杂志, 2022, 37(02): 141-146.

DOI：10.13362/j.jpmed.202202010

• 癌,肝细胞
• 糖酵解
• 基因表达调控,肿瘤
• 预后
• 基因组学
• 计算生物学

目的 探究肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)中糖酵解相关基因与肝细胞癌发生发展及预后的关系。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HCC的RNA表达数据和临床信息。首先采用基因富集分析预测正常组织和肿瘤组织中基因富集的相关通路，筛选HCC中糖酵解相关基因，然后构建糖酵解相关基因的预后模型，获取预后相关糖酵解基因。对基因进行风险评分，利用R语言根据临床特征分组后进行生存分析。使用cBioPortal数据库，分析预后模型中基因的突变情况。最后使用RT-qPCR验证预后模型中基因在HCC的表达。结果 基因富集分析显示，正常样本和肿瘤样本的基因显著富集于糖酵解通路。Cox回归分析筛选出了3个与预后相关的糖酵解基因(B3GAT3、NDC1、KIF20A),ROC曲线AUC值显示预后相关的糖酵解基因能预测HCC患者的临床预后，生存分析显示基因高表达组患者的总体生存率比低表达组患者更差(P<0.001)。cBioPortal数据库分析B3GAT3发生扩增、深度缺失和错义突变的概率为1.1%,NDC1发生扩增和错义突变的概率为0.6%,KIF20A发生扩增和错义突变的概率为0.8%。RT-qPCR结果显示B3GAT3、NDC1、KIF20A在HCC组织中均为高表达。结论 糖酵解相关基因B3GAT3、NDC1、KIF20A与HCC的预后相关，为后续进一步探究其在HCC中的作用机制提供了依据。

• 单位
  青岛大学附属医院