新冠病毒N基因编码蛋白的生物信息学分析

作者：孔令启; 丁一; 屈艳琳^*

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(07): 745-756.

DOI：10.13350/j.cjpb.220701

• 新冠病毒
• 核衣壳蛋白
• 生物信息学
• 抗原表位

目的 利用生物信息学方法分析预测新冠病毒N基因编码蛋白的结构及抗原表位，为研究新冠病毒靶向药物和疫苗提供理论依据。方法 通过NCBI获得新冠病毒核衣壳蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列，采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tech、TMHMM-2.0、Conserved domains、Cell-PLoc 2.0、NetPhos 3.1 Servera、NetNGlyc、SWISS MODE、Immunomedicine Group、IEDB、SYFPEITHI、BLAST、Uniprot等生物信息学软件对新冠病毒N蛋白的开放阅读框、理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、亚细胞定位、磷酸化及糖基化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇、B细胞与T细胞抗原表位、蛋白同源性及相互作用蛋白进行预测分析。结果 新冠病毒核衣壳蛋白是由419个氨基酸组成的亲水蛋白，分子式为C1970H3137N607O629S7,相对分子质量为45.625×103,理论等电点为10.07,脂肪族氨基酸指数为52.93,平均亲水系数为-0.971;该蛋白二级结构以无规则卷曲居多占55.13%,无信号肽和跨膜区，存在57个磷酸化位点，5个糖基化位点。预测该蛋白有16个抗原决定簇，8个B细胞优势抗原表位，16个CTL细胞优势表位，13个Th细胞表位，与SARS-CoV同源性最高，主要与6种蛋白相互作用发挥功能。结论 新冠病毒N基因编码蛋白含有多个B、T细胞优势抗原表位，与SARS-CoV同源性高，可为冠状病毒疫苗的研发提供和理论基础。

• 单位
  济宁医学院; 济宁市第一人民医院; 基础医学院