我国大陆柯萨奇病毒A4的C2亚型重组株进化分析

作者：宋丽芳; 刘明琛; 闫旭佳; 高帆; 白玉; 吴星; 毛群颖; 卞莲莲^*; 梁争论^*

来源：中国病毒病杂志, 2022, 12(04): 260-270.

DOI：10.16505/j.2095-0136.2022.0043

• 柯萨奇病毒A组4型
• 手足口病
• 基因重组
• 分子流行病学

目的 了解我国大陆手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)主要病原基因组的型间重组情况，分析柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A, CVA)4型主要重组株的进化起源。方法 收集Genbank中收录的2000—2012(含)年之间CVA2/4/5/6/8/10/12/14/16型和肠道病毒A组71型(enterovirus 71, EV-A71)全基因组序列，应用RDP4和Simplot软件扫描重组事件；对CVA4的主要重组株，基于P3区基因开展进一步分析，应用BEAST.v1.10.4软件构建系统进化树，并进行系统地理发生分析。结果 本研究关注的手足口病主要病原中，CVA2/4/6/8/14/16和EV-A71均筛选到重组株，这提示重组在肠道病毒A组中普遍存在，重组位点多位于5′-UTR、P2和P3区。CVA4主要重组株与EV-A71(JF799986)在P2区发生重组，发生重组的P3基因平均碱基替代速率(mean rate)为7.095×10-3位点/年(95%HPD区间：5.458×10-3～8.885×10-3位点/年),最早共同祖先(the most recent common ancestor, tMRCA)可以追溯到1997.87年(95%HPD区间：1985.71—2005.23年)。结论 我国大陆地区肠道病毒A组流行株均存在型间重组的现象，CVA4的C2亚型重组株可能为近年来我国大陆CVA4持续流行并引发手足口病的主要原因。本研究阐明CVA4重组株的起源进化及分子流行特征，为CVA4毒株监控和手足口病等相关疾病防控工作的开展提供依据。

• 单位
  中国食品药品检定研究院