组蛋白赖氨酸去甲基化酶家族在膀胱癌中的表达模式及其潜在作用:基于多组学分析

作者：付小聪; 余光创; 郭艳芳

来源：南方医科大学学报, 2022, 42(12): 1822-1831.

• 膀胱癌
• 组蛋白赖氨酸去甲基化酶
• 多组学

目的 探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶（KDMs）在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法 本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响。利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性。结果 分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征，并不是所有KDMs都具有一致的表达模式。转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调（P<0.05），而KDM3B/6B/7C的表达下调。甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调，而KDM7C甲基化水平上调（P<0.05）。相关性分析显示，14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关，其中KDM1A最显著。突变分析显示，KDM6A非同义突变频率最高，突变种类最多，且与其它KDMs的非同义突变具有互补性。生存分析显示，KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用，而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响。综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用，其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关。药物敏感性分析显示，KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关，而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关（P<0.05）。结论本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征，并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关。

• 单位
  南方医科大学; 基础医学院