太平洋战争爆发之后,重庆国民政府重建了海关总税务司署,并新设内陆海关。1942年1月1日,洛阳关正式成立。1942年至1945年期间,洛阳关的贸易与关税在国统区海关中具有重要地位,界首分卡甚至成为沦陷区与国统区贸易之中心。洛阳关积极参与联合检查工作,但受到走私军队的严重干扰。洛阳关与其他缉私机关也时常发生矛盾与冲突,这种矛盾直到1945年海关重新成为唯一的缉私机关才得以解决。