一种简易的脑片图像的半自动区域划分及细胞计数方法

作者：朱续涛; 何晓斌; 刘悦; 文鹏杰; 王莉; 张志建; 徐富强

来源：波谱学杂志, 2018, 35(02): 133-140.

• 神经环路
• 病毒标记
• 脑区划分
• 细胞计数

脑科学研究往往需要对实验动物不同脑区的分子表达、细胞数目及神经网络连接模式进行量化和比较分析,然而目前缺乏简便易行的规模化的脑区划分方法.本文基于Paxinos和Franklin的第二版小鼠图谱以及Photoshop和Image J等图像处理软件,发展了一种简易的脑片图像的半自动区域划分及细胞计数方法.首先,基于小鼠脑图谱可获得脑区划分所需的标准模版;然后,利用Photoshop软件对标准模版进行变形矫正,可实现小鼠脑切片图像的快速规模化半自动配准及区域分割;最后,利用Image J可实现对配准及分区后的脑片图像不同区域的半自动神经细胞计数和分析.此方法适用于脑片免疫组织化学分析、神经元分布模式检测和神经环路标记等研究,其操作简便、易于获取、并且不依赖于其他昂贵的商业化神经图像分析软件,能为条件有限的科研工作者提供极大便利.

• 单位
  中国科学院; 波谱与原子分子物理国家重点实验室; 中国科学院武汉物理与数学研究所; 中国科学院大学